以下文字节选自《科学的灵魂》第四章

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牛顿的思想与剑桥柏拉图主义者相同，一方面他被尊为建立机械世界观主流的科学家，他成功地将很多自然现象简化为数学定律——从行星的运行到潮水的涨退，他说服了很多人来相信大自然是一个规律化的整体。牛顿本身并不反对以机械来形容世界，在他的名著Principia的序言中，他如此形容行星、陨星、月球和潮水的运作：“我盼望我们能从机械原则中得到其他自然现象的解释。”

但是像剑桥柏拉图主义者一样，牛顿不愿意完全以机械论来解释世界，他尝试寻找“让神进来”的空间。他找到四个这样的途径：第一，他从剑桥柏拉图主义者的言论中采纳了自然界中的超机械化或主动的因素，他形容它们为“确实十分难以形容的精神，充沛而隐藏在万物之中”，通过如化学作用、光能和磁力等现象表现出来。牛顿把这些主动因素作为神借此管制世界的渠道。

牛顿还在上述的主动因素中加上他所发现的万有引力，这万有引力源自根深蒂固的新柏拉图思想（参见第三章），却与机械论极其相反，因为后者以为一切自然现象都源于不同形状和大小的粒子互相碰撞的结果，因此牛顿认为他发现了神借此在他的创造物中运作的另一种主要的主动因素。

以新柏拉图主义来解释万有引力的立场成为牛顿与很多他的同僚争论的焦点。其中如笛卡儿的门徒（Cartesians）极力反对牛顿的万有引力理论，认为它是一种隐秘的言论——是回到神秘吸力的逆流思想。

牛顿否认这种指责，他坚持他所提倡的引力理论最终完全不是一种终极性的解释——无论是神秘化的或机械化的立场，它不过是一种用作解释数据的假设，终极性的解释应被列在科学范围之外。这就是他作出著名的声言“我不假装任何假设”（I feign no hypothesis）的背景。

牛顿之所以避开终极性解释的讨论，乃是他相信神是最终极的原因。他认为万有引力乃是神自己加在被动的物质上运作的主动原则，是神用以在被造物中操作的渠道之一。正如Kaiser所言，牛顿看万有引力对物体来说“像生物靠內在的生命力呼吸一样地依靠神的临在运作”。正如呼吸一样，其中的主动活动力是自然和规律化的，但它却不能被完全机械化的过程来解释。

因此万有引力是牛顿的护教工具，因为它不能来自物质的內在性能如质量和它的延伸，那么它是外加在物质的超机械化的规律，所以它是神主动地掌管世界的证据。

第二个牛顿可找到神的位置的因素是绝对的时空。他从数学家Isaac Barrows的思想中采纳时空是神自己的永恒和无所不能的表达。牛顿认为神的永恒是他在所有时间领域中的伸展——他说，“神的持续是从永远到永远”。同时他认为神的无所不在是在空间的无限伸展——“他的存在从无穷到无穷”。因此时间应是永恒的，空间应是无限的。物理学的教科书往往认为牛顿的绝对时空理论是纯粹的形而上学的意念，却没有解释他的主要原动力是他的宗教观。

牛顿找到神的位置的第三个渠道是世界的规律，他在宇宙中发现有智慧的设计。他说科学的主要任务乃是从机制的因果链中追溯到“一定不是机械化的第一因”。牛顿也认为几种世界的特征不能在神的创造以外作其他解释。“眼睛能不以光学的原则来设计吗?耳朵能不按对声音的认识来制造吗?”

牛顿最喜欢的有关设计的论据却是太阳系，他以其中的精密的平衡构造为有智慧的设计的证据。若行星的速度稍微不同，太阳的质量稍大或稍小，整个太阳系统就不能运作。牛顿的结论是太阳系不能只用自然因素来解释——因为这是“盲目和巧合的”，它需要“一个熟谙力学和几何”的原因。他在General Scholium里这样说：

“这个最美好的太阳、行星和流星的系统只能按照一位智慧和大能者的指引和管制来运作。”

其实牛顿认为宇宙为精密调制的“机件”的形象本身孕育创造主的意念，正如钟表暗示钟表匠一样。历史学家John Herman Randall如此说：“牛顿的整套科学实际上促使人要接受一位外在的创造主的必然科学假设。”

牛顿第四种为神定位的立场是宇宙往往有需要神介入来使它稳定的机会。譬如行星彼此接近或接近流星时产生不正常的现象，牛顿惧怕这种变异的累积会引致混乱，使整个太阳系统瓦解，因此神往往需要循回地介入宇宙来调整。要是宇宙是一架钟表，它是一架常需要修理和调整的钟表。

以上文字节选自《科学的灵魂》第四章

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